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Nous allons voir comment l’utilisation d’un logiciel d’analyse en imagerie médicale peut nous être d’un grand secours.
Avant tout, nous allons vous présenter ce fameux logiciel: il s’agit d’Image J développé par le National Institut of Health qui remplace l’ancien logiciel NIH et qui est programmé en Java. Donc, pour l’installer, il faut vous assurer que vous disposer de la Java Virtual Machine (logiciel à télécharger gratuitement sur le site de Sun Microsystem). Image J appartient au monde des opensources et est par conséquent gratuit (il existe en outre plus de 300 plugins et 200 macros…). Pour connaître toutes les possibiltés offertes, je vous laisse consulter la doc (en anglais, mais francisable avec le traducteur de google).
Une fois installé, vous disposer d’un analyseur d’image aussi complet que rapide utilisé dans de nombreux domaine (médical, géophysique, etc). Le but de cette page n’étant pas de vous présenter cette application, nous consacrerons prochainement une page de "on a testé pour vous" à explorer quelques unes de ses possibilités (actuellement en test).

Voici une petite astuce:

Suite à un chantier un peu important, 500 tombes ont été étudiées (entre autres). L’anthropologue dispose de tableaux de comptage, mesures et autres et de documents graphiques sous la forme d’image en niveaux de gris (ici les fiches sep utilisées par le laboratoire de Marseille). L’anthropologue veux disposer de données chiffrée sur les taux de représentation des squelettes, sachant que certains critères à prendre en compte sont enregistré soit en noir, soit en gris. Il est toujours possible de répondre à cette question avec les données métriques (qui ne sont pas enregistrées lorsqu’elles ne servent à rien d’autres), mais cela prendrait sur une série pareille plusieurs jours (voir 1 mois), et à peine moins en utilisant les images avec les outils classique. Comment faire?



Première étape:

En premier lieu, il faut nettoyer les images des éléments redondants (c'est-à-dire la base du dessin, donc la fiche vierge). Nous avons utiliser Photoshop, mais Gimp qui est en opensource fait la même chose selon une procédure similaire). Ouvrez votre fiche vierge, créez à chaque angle un petit carré noir (il doit couvrir tout les pixels des angles), allez dans sélection/plage de couleur/blanc régler la tolérance à 20/200, cliquer sur OK puis dans le menu sélection faite intervertir. Allez dans édition et faite remplir de blancs. Copier la selection, puis créez un nouveau fichier d’après le presse-papier et coller votre sélection. Enregistrez-là. Créez le script suivant (donner lui le nom "mon script":) Vous trouverez le masque pour le fichier vierge présenté ici.
Coller
Fusionner les calques
Aller dans le menu fichier/automatisation. Dans la boite de dialogue, choisissez "mon script", votre répertoire source et celui de destination et lancer le script. Toutes vos images seront filtrées.
Par la suite, votre masque de nettoyage et votre script étant enregistré, contentez-vous de la dernière action.
Pour 500 images, comptez environs 30 mn sur un ordi récent et rapide, alors allez boire un café, manger ou amusez-vous…

Deuxième étape:

Dans votre dossier X vous avez toutes vous fiches épurées. Ouvrez Image J et aller dans fichier/Import/image sequence.
Choissez votre dossiez X faites OK,
Complétez la boite de dialogue comme dans la figure suivante (si elles sont en couleur, cochez la case convertir en niveau de gris 8bits). OK
Suivez la procédure illustrée:
m1
 
m2
 
m3
 
m4
 
Allez dans les menu analyse/set measurements
 
me
 
m5
 
m6
 
Vous obtenez:
 
m7
 
 
 

Enregistrer les résultats au format excel (vous apprécierez la puissance du logiciel et les application que vous pourrez en faire…). Il nous a fallu 28s pour traiter 500 tombes.
 
Troisième étape:

Ouvrez vous résultats dans excel (la suite à été développé par nos soin sur excel, mais nous la rendrons disponible sur openoffice prochainement).
Sélectionnez votre tableau et remplacez si besoin les " . " par des " ," (vos chiffres doivent être aligné à droite) et supprimez les entrées redondantes dans la colonne Label (le nom du répertoire et les 2 points. Attention, vos noms de fichier ne doivent être composés que de chiffres simples, inférieur à 1000000 et sans aucun signe!!!!!)
Ouvrez le deux fichiers suivants (clic droit/enregistrez la cible sous)
Données brutes.xls (à décompresser avant)
Tx22.xls (idem)
Copier vos résultats dans Données brutes/données (pour des raisons d’efficacité, les macros ont été prévus pour traiter 60 individus n’ayant pas plus de 400 fragments chacun)
Cliquez sur "Lancer"
Vous obtenez le tableau suivant :
 
 
excel

Il aura fallu moins de 1h pour traiter les 500 tombes!!!!

MISE EN GARDE:
Pour des problèmes de saturation des piles mémoires, fermez et relancez les fichier "Données brutes" et "Tx22" pour chaque goupe de 60 individus.
Si vous avez moins de 60 individus, supprimez les lignes redondantes dans la feuille "récapitulatif".
Si vous souhaitez ne traiter qu’une seule tombes. Ouvrez uniquement le fichier Tx22, copier vos données dans "données" et cliquez sur lancer.
Récupérez vos données dans Tx22/rapport

Les applications excel ne tolèrent que les fiches présentées ici. Si vous en utilisez d’autres, envoyez nous vos fiches vierges, nous vous fournirons une version comaptible.

Les macros sont protégées afin que vous ne puissiez pas détruire les codes par mégarde. Pour disposer acquérir les fichiers sources, contactez-nous.

Pour toute question, suggestion ou amélioration à la méthode, conctez-nous