Nous allons voir comment l’utilisation d’un logiciel d’analyse en imagerie médicale peut nous être d’un grand secours.
Avant tout, nous allons vous présenter ce fameux logiciel: il s’agit
d’Image J développé par le National Institut of Health qui remplace l’ancien
logiciel NIH et qui est programmé en Java. Donc, pour l’installer, il
faut vous assurer que vous disposer de la
Java Virtual Machine (logiciel
à télécharger gratuitement sur le site de Sun Microsystem). Image J
appartient au monde des opensources et est par conséquent gratuit (il
existe en outre plus de 300 plugins et 200 macros…). Pour connaître
toutes les possibiltés offertes, je vous laisse consulter la doc (en
anglais, mais francisable avec le traducteur de google).
Une fois
installé, vous disposer d’un analyseur d’image aussi complet que rapide
utilisé dans de nombreux domaine (médical, géophysique, etc). Le but de
cette page n’étant pas de vous présenter cette application, nous
consacrerons prochainement une page de "on a testé pour vous" à
explorer quelques unes de ses possibilités (actuellement en test).
Voici une petite astuce:
Suite
à un chantier un peu important, 500 tombes ont été étudiées (entre
autres). L’anthropologue dispose de tableaux de comptage, mesures et
autres et de documents graphiques sous la forme d’image en niveaux de
gris (ici les
fiches sep utilisées
par le laboratoire de Marseille). L’anthropologue veux disposer de
données chiffrée sur les taux de représentation des squelettes, sachant
que certains critères à prendre en compte sont enregistré soit en noir,
soit en gris. Il est toujours possible de répondre à cette question
avec les données métriques (qui ne sont pas enregistrées lorsqu’elles
ne servent à rien d’autres), mais cela prendrait sur une série pareille
plusieurs jours (voir 1 mois), et à peine moins en utilisant les images
avec les outils classique. Comment faire?
Première étape:
En premier lieu, il faut nettoyer les images des éléments redondants (c'est-à-dire la base du dessin, donc
la fiche vierge).
Nous avons utiliser Photoshop, mais Gimp qui est en opensource fait la
même chose selon une procédure similaire). Ouvrez votre fiche vierge,
créez à chaque angle un petit carré noir (il doit couvrir tout les
pixels des angles), allez dans sélection/plage de couleur/blanc régler
la tolérance à 20/200, cliquer sur OK puis dans le menu sélection faite
intervertir. Allez dans édition et faite remplir de blancs. Copier la
selection, puis créez un nouveau fichier d’après le presse-papier et
coller votre sélection. Enregistrez-là. Créez le script suivant (donner
lui le nom "mon script":) Vous trouverez le masque pour le fichier
vierge présenté
ici.
Coller
Fusionner les calques
Aller
dans le menu fichier/automatisation. Dans la boite de dialogue,
choisissez "mon script", votre répertoire source et celui de
destination et lancer le script. Toutes vos images seront filtrées.
Par la suite, votre masque de nettoyage et votre script étant enregistré, contentez-vous de la dernière action.
Pour 500 images, comptez environs 30 mn sur un ordi récent et rapide, alors allez boire un café, manger ou amusez-vous…
Deuxième étape:
Dans votre dossier X vous avez toutes vous fiches épurées. Ouvrez Image J et aller dans fichier/Import/image sequence.
Choissez votre dossiez X faites OK,
Complétez
la boite de dialogue comme dans la figure suivante (si elles sont en
couleur, cochez la case convertir en niveau de gris 8bits). OK
Suivez la procédure illustrée:
Ouvrez
vous résultats dans excel (la suite à été développé par nos soin sur
excel, mais nous la rendrons disponible sur openoffice prochainement).
Sélectionnez
votre tableau et remplacez si besoin les " . " par des " ," (vos
chiffres doivent être aligné à droite) et supprimez les entrées
redondantes dans la colonne Label (le nom du répertoire et les 2
points. Attention, vos noms de fichier ne doivent être composés que de
chiffres simples, inférieur à 1000000 et sans aucun signe!!!!!)
Ouvrez le deux fichiers suivants (clic droit/enregistrez la cible sous)
Données brutes.xls (à décompresser avant)
Tx22.xls (idem)
Copier
vos résultats dans Données brutes/données (pour des raisons
d’efficacité, les macros ont été prévus pour traiter 60 individus
n’ayant pas plus de 400 fragments chacun)
Cliquez sur "Lancer"
Vous obtenez le tableau suivant :
Il aura fallu moins de 1h pour traiter les 500 tombes!!!!
MISE EN GARDE:
Pour
des problèmes de saturation des piles mémoires, fermez et relancez les
fichier "Données brutes" et "Tx22" pour chaque goupe de 60 individus.
Si vous avez moins de 60 individus, supprimez les lignes redondantes dans la feuille "récapitulatif".
Si
vous souhaitez ne traiter qu’une seule tombes. Ouvrez uniquement le
fichier Tx22, copier vos données dans "données" et cliquez sur lancer.
